حوزه علمیه خلیل آباد در کنار حوزه علمیه احناف خواف، تعلیم القرآن نشتیفان و حوزه علمیه سنگان یکی از چهار حوزه علمیه اهل سنت شهرستان خواف می باشد. این حوزه در سال 1351 شمسی توسط جناب مولانا فرقانی تاسیس شد و مدت چهل سال است با وجود نشیب و فرازهای فراوان مشغول خدمت است.
 مولانا فرقانی پس از 5 سال کسب فیض از محضر مولانا مطهری رحمه الله، در سن 17 سالگی جهت ادامه تحصیل عازم هرات افغانستان شدند و پس از مدت 2 سال استفاده از محضر علمای هرات به وطن باز گشته و دو مرتبه خدمت استاد قدیم خود مولانا مطهری حاضر شدند و مدت 2 سال ضمن پیش نمازی در مسجد جامع لاج از فیوضات مولانا مطهری ره استفاده نمودند.